Je nachdem, wie sich das Virus auf das jeweilige Pferd auswirkt, wird entschieden, ob eine häusliche oder klinische Behandlung erforderlich ist. Alle Behandlungen sollten unter der Leitung eines Tierarztes erfolgen.
Die Behandlung des West-Nil-Virus umfasst entzündungshemmende Mittel, wenn Fieber vorhanden ist, und die Sicherstellung einer ausreichenden Flüssigkeitszufuhr, möglicherweise durch eine intravenöse Behandlung, wenn das Pferd nicht in der Lage ist, selbständig zu trinken. Bei fressunwilligen Pferden kann auch eine orale oder intravenöse Fütterung erforderlich sein.
Bei Pferden, die nicht aufstehen können, wird das Anheben 2 bis 3 Mal pro Tag empfohlen, um die Durchblutung zu fördern und Druckstellen vorzubeugen. Auch ein Kopf- und Beinschutz ist häufig erforderlich. Bei vielen Pferden bessert sich die Situation innerhalb von 5 bis 7 Tagen nach Auftreten der klinischen Anzeichen, bei etwa 20-30 % können jedoch über mehrere Wochen hinweg schwere neurologische Defizite auftreten.
Einige Pferde entwickeln manchmal andere Probleme, weil sie durch WNV geschwächt wurden. Gelenk- und Sehneninfektionen, Scheideninfektionen, Lungenentzündungen und Durchfallerkrankungen können als Folgeerscheinungen auftreten.